La historia del Archivo Arzobispal de Lima está estrechamente vinculada a los procesos que han definido la administración eclesiástica y la sociedad desde el siglo XVI. Su origen se remonta al 25 de julio de 1543, con la entrada de fray Jerónimo de Loaysa, primer obispo de la diócesis de Lima. Este inicio institucional coincidió con un periodo de inestabilidad marcado por las guerras civiles entre los conquistadores, contexto en el cual comenzó la génesis documental que daría contenido al repositorio, con la producción de libros parroquiales que datan de aquellos primeros años de actividad eclesiástica.
Al convertirse la Iglesia de Lima en Primada del Perú y de toda la América Meridional en 1546, el archivo pasó a reflejar una vasta jurisdicción territorial, lo que supuso un notable incremento de la documentación. Los primeros inventarios del archivo se encuentran en documentación del siglo XVII; uno de estos registros da cuenta de la existencia de aproximadamente 1 500 documentos, entre los que se mencionan pleitos civiles y criminales, apelaciones, procesos de divorcio y nulidad matrimonial, así como causas sobre cofradías, capellanías, doctrinas, hechicerías y monasterios, entre otras series documentales.
En la segunda década del siglo XVII, dentro del expediente del juicio de residencia al canónigo Feliciano de la Vega, se incluye un inventario de los procesos que se encontraban en el archivo de la Audiencia Arzobispal actuados durante su gestión. En dicho documento se indica la existencia de un total de 4 310 procesos; sin embargo, el inventario solo relaciona 1 090, correspondientes a aquellos que ya habían sido sentenciados. Asimismo, se mencionan otras series documentales, como los procesos sobre amancebados.
Durante las primeras décadas del siglo XVIII se emitió un decreto arzobispal para nombrar encargado del archivo al presbítero don Alonso de la Cueva, quien tuvo la misión de trasladar temporalmente la documentación de la Audiencia Arzobispal de Lima (Tribunal Eclesiástico), entonces ubicada en el Palacio Arzobispal, al Seminario Santo Toribio, con el fin de inventariarla y organizarla durante un periodo de seis meses.
A pesar de haberse organizado la documentación en las primeras décadas del siglo XVIII, a inicios del siglo XIX el local en el que se encontraba presentaba serios problemas de humedad y la documentación se hallaba en un alto grado de desorden.
En 1810, tras la conclusión de las obras del archivo y del nuevo Tribunal de la Curia, se emitió un auto mediante el cual se nombró archiveros a los presbíteros don Francisco Xavier Pastor, Matías y Clemente Maestro. En dicho auto se les encargó recibir y ordenar los papeles del Archivo General del Juzgado, así como elaborar, con la mayor prontitud posible, un índice de los protocolos, debido al estado de desorganización en el que se encontraba el archivo.
No obstante, la integridad de este patrimonio continuó enfrentando diversas contingencias a lo largo del siglo XIX, entre ellas la ocupación militar del Palacio Arzobispal por el Estado Mayor del general José de San Martín en 1821 y el colapso estructural de su depósito en la década de 1870. Tales circunstancias comprometieron seriamente las condiciones de preservación del fondo documental, el cual, pese a estas adversidades, logró mantenerse y ser posteriormente recuperado.
Durante el siglo XX, la institución avanzó de manera significativa en su organización bajo la dirección de los historiadores y sacerdotes Rubén Vargas Ugarte, S. J., Domingo Ángulo, O. P., y monseñor Valentín Trujillo Mena. En 1967, siendo arzobispo de Lima el cardenal Juan Landázuri Ricketts, se emitió el decreto de creación institucional que formalizó sus funciones. En esta etapa, y hacia finales del siglo XX, bajo la dirección de los historiadores José Durand Flórez y Laura Gutiérrez Arbulú, así como de la abogada Martha Luchetti, se continuó con la elaboración de inventarios analíticos que permitieron sistematizar el fondo documental conforme a los criterios archivísticos de la época, facilitando el acceso a la investigación histórica.
La gestión actual, bajo la dirección de la historiadora Kelly Montoya Estrada, ha marcado un punto de inflexión orientado a la modernización y al fortalecimiento del liderazgo normativo de la institución. El 13 de septiembre de 2024, el arzobispo de Lima, cardenal Carlos Castillo Mattasoglio, mediante decreto arzobispal, erigió al Archivo Arzobispal de Lima como ente rector de los archivos de la Arquidiócesis de Lima. Esta disposición le otorga la potestad de supervisar y brindar asistencia técnica a los repositorios de la jurisdicción, estableciendo lineamientos que aseguren la adecuada protección y el tratamiento técnico del patrimonio documental.
En la actualidad, el archivo ha implementado estándares archivísticos contemporáneos, entre los que destacan la creación del Laboratorio de Conservación, orientado a la conservación preventiva, y el Área de Digitalización, destinada a la preservación y al acceso a la información. Ubicado en la calle Luis Espejo, en el distrito de La Victoria, el archivo funciona también como un centro de difusión cultural que, a través de exposiciones y plataformas digitales, acerca el patrimonio histórico a la ciudadanía.